Das Nationale Überwachungsprogramm stellt einen wichtigen Pfeiler der Tiergesundheitsüberwachung dar. Jährlich dokumentieren das Bundesamt für Lebensmittelsicherheit und Veterinärwesen und die kantonalen Veterinärdienste das Auftreten mehrerer Tierseuchen und Zoonosen mit krankheitsspezifischen Untersuchungsprogrammen, um den Gesundheitsstatus der Schweizer Nutztiere einzuschätzen.
Bei einigen Tierseuchen, die in der Schweiz ausgerottet wurden, dient die Überwachungstätigkeit dem Nachweis der Seuchenfreiheit. Der Grund dafür ist, dass auch ausgerottete Seuchen aufgrund des Tierverkehrs und des internationalen Handels jederzeit wieder in die Schweiz eingeschleppt werden können. Dies könnte für die Gesundheit von Tier und Mensch sowie für die Wirtschaft unabsehbare Folgen haben.
In Appenzell Ausserrhoden und Appenzell Innerrhoden werden dieses Jahr Proben von 33 Ziegenbetrieben und 37 Schafbetrieben untersucht, um die Seuchenfreiheit nachzuweisen. Weitere Beprobungen von Rindern und Schweinen finden in den Schlachthöfen statt.